个人所得税是在中国境内取得的所得，依照税法规定，按照应纳税所得额，按照税率表，以累计预扣法方式计算缴纳的税款。实发工资则是指扣除个人所得税、五险一金、住房公积金等扣除项目后的工资。
那么，为什么个人所得税和实发工资不一样呢？主要有以下几个原因：
- 个人所得税的计算方法：个人所得税的计算方法是根据应纳税所得额，按照税率表，以累计预扣法方式计算缴纳的税款。而应纳税所得额是指个人的各项收入扣除免税收入、减除费用、专项扣除、专项附加扣除后的余额。因此，在计算个人所得税时，会涉及到免税收入、减除费用、专项扣除、专项附加扣除等扣除项目。
- 免税收入：纳税人取得的下列所得，免征个人所得税：
- 居民个人取得的偶然所得，每次不超过4000元，不计入应纳税所得额；
- 居民个人取得规定的其他所得，不计入应纳税所得额。
例如，纳税人取得的偶然所得为3000元，那么，这笔所得将免征个人所得税，因此，实发工资将比应发工资多3000元。
- 减除费用：居民个人取得的工资薪金所得，按照下列方法计算个人所得税应纳税所得额：
- 纳税人未提供专项附加扣除证明的，每月按照3500元减除费用。
- 纳税人提供专项附加扣除证明的，按照规定的标准减除费用。
例如，纳税人未提供专项附加扣除证明，那么，每月按照3500元减除费用，因此，实发工资将比应发工资多3500元。
- 专项扣除：居民个人取得的工资薪金所得，按照下列规定扣除：
- 基本养老保险、基本医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险（以下简称五险）的个人缴费部分，按照每月实际缴纳额扣除。
- 住房公积金的个人缴存部分，按照每月实际缴纳额扣除。
例如，纳税人每月缴纳五险一金1500元，那么，这笔所得将按照每月实际缴纳额扣除，因此，实发工资将比应发工资多1500元。
- 专项附加扣除：居民个人取得的工资薪金所得，按照下列规定扣除：
- 子女教育支出、继续教育支出、大病医疗支出、住房贷款利息支出、住房租金支出、赡养老人支出、发放子女教育奖金、报销子女教育费用、扣除赡养老人费用、扣除发放老年人补贴、扣除发放孤寡老人补助、扣除发放残疾人补助等。
例如，纳税人每月发生子女教育支出1000元，那么，这笔所得将按照每月实际发生额扣除，因此，实发工资将比应发工资多1000元。
综上所述，个人所得税和实发工资不一样的主要原因是个人所得税的计算方法涉及到免税收入、减除费用、专项扣除、专项附加扣除等扣除项目。因此，纳税人应根据自身情况，准确申报个人所得税，避免多交税或少交税。