1、交易场所不同：北交所在北京证券交易所交易；新三板是全国中小企业股份转让系统，属于场外市场。
2、交易门槛不同：北交所交易需要两年及以上的股票交易经验和50万元及以上日均资产；新三板创新层需要两年及以上的股票交易经验和100万元及以上日均资产，新三板基础层需要两年及以上的股票交易经验和200万元及以上日均资产。
3、交易规则不同：新股上市首日不设涨跌幅限制，首日后涨跌幅限制为30%，每一交易单位为100股，以1股进行递增；新三板创新层涨跌幅限制为50%，新三板基础层涨跌幅限制为100%，每一交易单位为100股，以1股进行递增。