在很多银行中，同一款存款在柜台上的利率与手机银行，或者网上银行中利率确实不同，存在一定差异，但一般是线下利率高于线上利率，这种线上利率高于线下利率情况，比较少见，但并不代表没有。
根据多年的观察与分析，无论线上利率还是线下利率，只要是同一款存款利率有差异，那么利率越高，它的要求就越高，附加条件就越多，换句话说，对存款人的要求或约束就越多，一定程度上体现了权利与义务的对等性。
比如，题主叙述的3年期柜台利率3.25%，手机银行利率为3.41%，也不要大意，而是需要认真阅读产品说明书具体内容，有什么要求，或者说违约责任等，避免踩坑。
在常见案例中，最常见的是利率越高，起存金额越大，比如3.25%的一般起存50，门槛低，几乎适合所有人，但3.41%的一般不是50起存，而是5万、10万、20万或者100万等等金额起存，且很多时候只针对个人优质客户，或者私人银行客户开放，比如大额存单或特色存款等，门槛高，只适合特定人群。
银行开展线上大额揽存，单笔金额大，减少房租水电费，成本明显低于线下揽存，所以把节约的成本再让利于储户，这样利率就会高一些。
但根据多年从业经验，总体而言，线下存款优势还是高于线上的，一方面线上产品在柜台都可以有，但柜台拥有的产品，线上就不一定有；另一方面，线下存款有很多优惠活动，银行很多时候会送积分礼品等，而线上存款一般没有。目前各家银行“开门红”活动启动在即，知道这个“窍门”，也许你会收到意外惊喜。